Por lo general, en agricultura ecológica sólo es necesario intervenir en plantaciones jóvenes.

Control biológico

En plantaciones adultas no suele ser necesario ningún tipo de control mediante aplicación de fitosanitarios, ya que la acción del parasitoide Citrostichus phyllocnistoides alcanza unos niveles de parasitismo elevados y es capaz de reducir las poblaciones de minador. Las hembras de C. phyllocnistoides realizan gran cantidad de picaduras alimenticias que causan la muerte del minador. Parasita principalmente las larvas de segundo estadio de P. citrella. Además, desde su aparición en España, se han citado 18 especies autóctonas de himenópteros parasitoides. Se trata de ectoparasitoides idiobiontes, cuya actividad se ha centrado casi exclusivamente en las larvas maduras de minador. Estas larvas son, o bien parasitadas, o bien muertas por picaduras alimenticias de las hembras adultas, que se alimentan de sus jugos. Hasta 1997 la especie predominante en España fue Pnigalio pectinicornis L. (=P. mediterraneus), seguido en importancia por Cirrospilus brevis. A partir de ese año, C. brevis pasó a ser la especie autóctona más abundante.

Varias especies de artrópodos se han citado en España como depredadoras del minador: Thrips sp. (Thysanoptera: Thripidae), Chrysoperla carnea Stephens (Neuroptera: Chrysopidae), Orius sp. (Hemiptera: Anthocoridae) y arañas (Araneae). Generalmente la depredación es un factor de mortalidad importante.

Control cultural

En plantaciones adultas se puede regular el abonado, la poda y el riego con el fin de conseguir brotaciones uniformes, poco prolongadas pero intensas, que eviten la presencia continua de brotes sobre los que pueda desarrollarse el minador.

Fitosanitarios autorizados en agricultura ecológica

En las plantaciones jóvenes o injertadas donde la conservación de las brotaciones es importante para el normal desarrollo de la plantación se puede utilizar azadiractina.